Hệ thống ĐBCL của trường ĐHGD được cấu trúc chặt chẽ, đảm bảo sự vận hành thống nhất từ cấp chỉ đạo từ ĐHQGHN, từ BGH nhà trường tới đơn vị cấu tạo nhỏ nhất là các tổ bộ môn. Cấu trúc hệ thống ĐBCL bên trong của trường ĐHGD được thực hiện theo mô hình phân cấp như sau:
Cấp 1. ĐHQGHN
Cấp 2. Trường Đại học Giáo dục
Ở cấp ĐHQGHN: Là đơn vị thành viên của ĐHQGHN, các mảng hoạt động của Nhà trường đều thực hiện theo các quy định của ĐHQGHN. Về công tác ĐBCL, ĐHQGHN phân công Viện ĐBCL là đơn vị đầu mối triển khai công tác ĐBCL tới tất cả các đơn vị thành viên của ĐHQGHN. Các đơn vị thành viên có trách nhiệm thực hiện, báo cáo các hoạt động ĐBCL về Viện ĐBCL, ĐHQGHN theo đúng quy định.
Ở Cấp độ trường: Trường ĐHGD thành lập Hội đồng ĐBCL gồm có 15 thành viên, gồm BGH, các chuyên gia trong lĩnh vực ĐBCL, các trưởng phòng chức năng, các trưởng phó chủ nhiệm Khoa. Hội đồng ĐBCL có nhiệm vụ tư vấn cho Hiệu trưởng về công tác ĐBCL giáo dục theo các quy định hiện hành của Bộ GD&ĐT, ĐHQGHN . Ngoài Hội đồng ĐBCL, trường ĐHGD còn phân công 01 phó Hiệu trưởng phụ trách, theo dõi, giám sát và chỉ đạo, thực hiện các hoạt động ĐBCL và cũng là đại diện lãnh đạo về chất lượng của toàn trường.
Cấp độ đơn vị chuyên môn: đơn vị thường trực công tác ĐBCL là phòng ĐBCL&TT. Ngay sau khi được nâng cấp thành Trường Đại học, cùng với việc thành lập các Khoa, phòng ban chức năng, Trường ĐHGD đã thành lập Trung tâm Đảm bảo Chất lượng Giáo dục theo Quyết định số 05/QĐ-TCCB ngày 30/06/2009 với cơ cấu từ 02 - 04 thành viên Đến năm 2017, để hoàn thiện bộ máy ĐBCL bên trong và thực hiện cải tiến chất lượng theo kiến nghị của đoàn đánh giá ngoài, Trường đã điều chuyển chức năng nhiệm vụ Thanh tra từ phòng TCCB về Trung tâm ĐBCLGD và đổi tên Trung tâm ĐBCLGD thành phòng ĐBCL&TT. Chức năng, nhiệm vụ của Phòng ĐBCL&TT được quy định rõ trong Quy chế tổ chức và hoạt động của Trường ĐHGD. Để thực hiện tốt công tác ĐBCL, trường ĐHGD đã bố trí nhân sự của phòng gồm có 04 thành viên: 01 trưởng phòng có học vị Tiến sĩ; 01 phó trưởng phòng có học vị thạc sĩ và 01 chuyên viên có học vị thạc sĩ ; 01 cử nhân . Nhân sự của phòng ĐBCL&TT được đào tạo từ nhiều chuyên ngành khác nhau, nhưng khi nhận nhiệm vụ chuyên trách về công tác ĐBCL thì thường xuyên được Nhà trường cử đi tham gia đào tạo, bồi dưỡng về công tác ĐBCL. Hiện nay phòng ĐBCL&TT có 02 cán bộ được đào tạo Kiểm định viên, 01 cán bộ là Thạc sĩ chuyên ngành Đo lường và Đánh giá trong Giáo dục , 100% cán bộ của phòng ĐBCL&TT được bồi dưỡng về KĐCL chương trình đào tạo và KĐCL cơ sở giáo dục đào tạo và tham gia tập huấn, bồi dưỡng về công tác đảm bảo chất lượng giáo dục đại học do Bộ GD&ĐT, ĐHQGHN tổ chức hằng năm.
Ở cấp độ các khoa, các đơn vị thuộc và trực thuộc Nhà trường: Theo Quy định về công tác ĐBCL của Nhà Trường thì ngoài cán bộ của phòng ĐBCL&TT chuyên trách về công tác ĐBCL mỗi phòng chức năng, Khoa đào tạo, Trường THPT Khoa học Giáo dục phải có một lãnh đạo trực tiếp phụ trách công tác ĐBCL và phân công ít nhất 01 chuyên viên kiêm nhiệm công tác ĐBCL tại đơn vị của mình. Căn cứ trên danh sách cán bộ của các đơn vị đề cử, Trường ĐHGD đã ra quyết định thành lập mạng lưới ĐBCL bên trong, gồm 22 thành viên đến từ các phòng chức năng, Khoa đào tạo, Trường THPT KHGD, các đoàn thể trong Trường. Nhiệm vụ của mạng lưới ĐBCL bên trong của trường được quy định rõ trong Quy định về hoạt động ĐBCL
Toàn bộ các thành viên của hệ thống ĐBCL bên trong của Trường ĐHGD được bồi dưỡng về công tác ĐBCL. 04/04 Ban Giám hiệu được đào tạo KĐV trong đó có 02 lãnh đạo có thẻ KĐV. 04/05 Chủ nhiệm Khoa được đào tạo KĐV; 05 cán bộ lãnh đạo cấp phòng được đào tạo KĐV. Hiện nay số lượng cán bộ, giảng viên của Nhà trường được đào KĐV là 21 cán bộ, GV, trong đó có 04 giảng viên có thẻ KĐV và đã tham gia nhiều đoàn đánh giá ngoài cơ sở giáo dục và đánh giá ngoài chương trình đào tạo tại các cơ sở giáo dục đại học trên cả nước. 90% cán bộ tham gia mạng lượng ĐBCL bên trong của nhà Trường được tham gia các lớp tập huấn, bồi dưỡng liên quan tới công tác ĐBCL như: tập huấn viết báo cáo TĐG chương trình đào tạo; Viết báo cáo TĐG cơ sở giáo dục, tập huấn về Văn hóa công sở Trường ĐHGD …
